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=== 发酵的细菌理论 ===
法国的[[葡萄酒]]业非常有名，但是久置的 [[ 啤酒 ]] 和葡萄酒会变酸。[[里尔]]酿酒商向巴斯德请教如何防止让酒变酸。巴斯德首先研究了酒的发酵过程。他发现发酵是因为[[微生物]]（[[酵母菌]]）的增长造成的。酒变酸和发酵类似，不过是由不同的微生物引起的。巴斯德的发现改变了以往认为微生物是发酵的产物，发酵是一个纯粹的化学变化过程的错误观点。同时，巴斯德通过大量实验提出：环境、温度、pH值和基质的成分等因素的改变，以及有毒物质都以特有的方式影响着不同的微生物。他随后创立了“[[巴斯德消毒法]]”（60~65摄氏度作短时间加热处理，杀死有害微生物的一种消毒法）并应用在各种食物和饮料上。<ref name="中国大百科全书"/><ref name=lu/>
1862年，巴斯德經多次實驗，終於以{{Link-en|鹅颈瓶|swan neck duct}}進行實驗，證明煮沸的肉湯內，不會增長細菌；因此否定認為「生物隨時可由非生物發生」的[[自然發生說]]（無生源論、自生論）。他提出「一切 [[ 生物 ]] 來自生物」的結論（即生源論）。<ref>{{cite web | url=http://www.cctcc.org/DigitalMuseum/news_show.php?newsid=23 | title=確定生源論的實驗-微生物歷史-微生物著名實驗-微生物數字博物館 |publisher=[[中国典型培养物保藏中心]] | accessdate=2013-08-23}}</ref>
=== 免疫学和疫苗 ===
==信仰和灵性==
{{quote|他完全相信上帝和永恒，深信今世赋予我们从善的力量将一直持续至来世，这种感情贯穿在巴斯德的整个生活当中。他念念不忘《新约》的福音所阐明的德行教条。就在自己生命的最后几周里，巴斯德对先人的宗教仪式充满了敬意。他朴素而自然的以这种仪式作精神支柱。<ref name=VR>{{cite book |author=（法）R.瓦莱里-拉多 |title=微生物学的奠基人：巴斯德|year=1985 |publisher=商务印书馆 |pages=488 |url=http://book.ln.chaoxing.com/ebook/detail_10720429.html}}</ref>}}
{{Link-fr|莫里斯·瓦莱里-拉多|Maurice Vallery-Radot}}是巴斯德女婿兄弟的外孙，也是天主教徒。他也坚持巴斯德深信天主教。<ref>{{Cite book| last = Vallery-Radot| first = Maurice | title = Pasteur| publisher = Perrin| year = 1994| location = Paris| pages = 377–407}}</ref>有一个被巴斯德·瓦莱里-拉多和莫里斯·瓦莱里-拉多证明是假的所谓巴斯德的话：<ref>Pasteur Vallery-Radot, Letter to Paul Dupuy, 1939, quoted by Hilaire Cuny, ''Pasteur et le mystère de la vie'', Paris, Seghers, 1963, p. 53–54.</ref>"The more I know, the more nearly is my faith that of the Breton peasant. Could I but know all I would have the faith of a Breton peasant's wife".<ref name="catholic intro"/>根据莫里斯·瓦莱里-拉多，<ref>''Pasteur'', 1994, p. 378.</ref>这个错误的传言最早是在巴斯德时候不久出现的。<ref>In Pasteur's ''Semaine religieuse .... du diocèse de Versailles'', October 6, 1895, p. 153.</ref>
==对巴斯德的指控==
1995年，在巴斯德逝世百年纪念之际， [[ 美国]][[普林斯顿大学]][[科学史]]教授{{Link-en|拉尔德·盖森|Gerald L. Geison}}出版了《巴斯德的隐秘科学》（The Private Science of Louis Pasteur）一书。书中声称，巴斯德这位“最完美无缺的科学家”有欺骗行为，巴斯德的实验记录有的不符合他公开的说法，并且他还从事了违反医学伦理的试验。<ref>{{cite book|author=Gerald Geison|title=The Private Science of Louis Pasteur|year=1995|publisher=Princeton University Press|isbn=0-691-01552-X}}</ref>《[[纽约时报]]》立刻报道了该书的出版。<ref>{{cite news|author=Lewis Wolpert|title=Experiments in Deceit|url=http://www.nytimes.com/1995/05/07/books/experiments-in-deceit.html?pagewanted=all&src=pm|accessdate=2013-10-17|newspaper=The New York Times|date=1995-05-07}}</ref><ref>{{cite news|author=LAWRENCE K. ALTMAN|title=THE DOCTOR'S WORLD; Revisionist History Sees Pasteur As Liar Who Stole Rival's Ideas|url=http://www.nytimes.com/1995/05/16/science/doctor-s-world-revisionist-history-sees-pasteur-liar-who-stole-rival-s-ideas.html|accessdate=2013-10-17|newspaper=The New York Times|date=1995-05-16}}</ref>1962年[[诺贝尔化学奖]]得主[[马克斯·佩鲁茨|佩鲁茨]]在《[[纽约书评]]》上发布文章《为先驱辩护》进行详细的反驳。<ref name=perutz>{{cite journal |author=M.F. Perutz |title=The Pioneer Defended |journal=New York Review of Books |date=December 21 |year=1995 |url=http://www.nybooks.com/articles/archives/1995/dec/21/the-pioneer-defended/ |accessdate=2013-10-17}}</ref>此后，相关争论一直不断。<ref>{{cite journal |author=Gerald L Geison |title=Pasteur and the Culture Wars: An Exchange |journal=New York Review of Books |date=April 4 |year=1996 |url=http://www.nybooks.com/articles/archives/1996/apr/04/pasteur-and-the-culture-wars-an-exchange/ |accessdate=2013-10-17}}</ref><ref>{{cite journal |author=William C. Summers |title=Pasteur’s ‘Private Science’ |journal=New York Review of Books |date=February 6 |year=1997 |url=http://www.nybooks.com/articles/archives/1997/feb/06/pasteurs-private-science/ |accessdate=2013-10-17}}</ref><ref name=fang>{{cite news |author=[[方舟子]] |title=巴斯德是否骗人''——科学史上著名公案.80/ |url=http://epaper.eeo.com.cn/pdf/pdf/eeo/414/44.pdf |accessdate=2013-10-17 |newspaper=[[经济观察报]] |date=2009-04-13}}</ref>
==巴斯德研究所==