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崇祯十七年(1644)，清兵入关，崇祯自缢，福王[[朱由崧]]在南京称帝，建立南朝。黄端伯面北恸哭，盼为国效力。经礼部尚书姜日广推荐，授为礼部仪制司主事。福王弘光元年(1645)五月，南京失守，福王逃逸，礼部尚书钱谦益等百官皆迎降，只有黄端伯在其寓所能仁寺傍门不降。清豫亲王多铎大怒，将其关押在江宁。在狱中，他谈笑如常，并作《明夷录》言:"丹心倾汉室，碧血吐秦廷"以明其志。六月十四日，清政府下令剃发，他指颈说:"我宁剃(杀)头不剃发"。八月十三日，多铎再劝端伯降，并威胁说:"不降则戳!"黄端伯誓死不降，多铎命杀之。黄端伯整肃冠履，昂首引颈受刃。刽子手心惊目眩，不敢举刀，黄端伯厉声说:"何不刺我心!"临刑前，端伯面北遥拜，颜色不少变，观者万余，焚香拜泣，连多铎也叹称"南来硬汉仅见此人"<ref>[ http://www.cqcb.com/wenshi/2018-06-21/911497_pc.html 问我安身处，刀山是道场！清军攻陷南京城，一个小小的六品官让满清亲王竖起大拇指],重庆新闻</ref>。端伯死后，清军将其敛尸入棺，并将其灵柩叠至家乡新城，葬於忠孝桥侧。(明鲁王以海在绍兴监国时(1646~1653)，赠黄端伯太常寺卿，谥忠节。明唐王聿健隆武年间(1645-1646)亦封其为礼部尚书，谥忠毅。清乾隆时(1736~1795)赐谥烈愍。