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2010年1月19日，日航向[[東京地方裁判所]]申請[[破產保護]]負債高達2.3兆日圓<ref> https://news.cnyes.com/news/id/3379485 日航破產負債高達2.3兆日圓</ref> <ref> [https://news.cnyes.com/news/id/2254598 日航破產負債高達2.3兆日圓]</ref> 。同年2月9日，日航宣佈將加強與美國航空的合作關係，並將共同申請美日航線的反壟斷豁免權<ref>{{cite web|url=[http://press.jal.co.jp/ja/release/200911/001371.html|title=JALグループ 平成22年3月期 第2四半期連結業績の概況について|date=2009 ]，2009 年11月13日|publisher= ， 日本航空|accessdate=2009年11月17日|archive-date=2016年3月5日|archive-url=https://web.archive.org/web/20160305022613/http://press.jal.co.jp/ja/release/200911/001371.html|dead-url=no}}</ref><ref>{{cite web|url=[http://news.bbc.co.uk/2/hi/business/8466997.stm|title=Japan Airlines files for bankruptcy protection|date=2009 ]，2009 年11月19日|publisher=BBC ，BBC News|accessdate=2009年11月19日|archive-date=2010年9月3日|archive-url=https://web.archive.org/web/20100903193601/http://news.bbc.co.uk/2/hi/business/8466997.stm|dead-url=no}}</ref>。日本政府持有的企業再生支援機構（ETIC）於2010年向日航注資3500億日圓。

2011年3月1日，日航的[[波音747]]客機正式退役。自1970年啟用的波音747客機，最高峰期間（1994－2001年）曾有80架飛機在營運，後由於公司經營情況惡化、飛機油耗過大等問題而被迫退役。日航最後一班使用波音747執飛的國際航班是2月28日從成田機場飛往夏威夷[[檀香山]]的'''日本航空76號班機'''<ref name="kyodonews_2011Mar01">{{Cite web|url=[http://china.kyodonews.jp/news/2011/03/5199.html|title= 日航波音747客机踏上告别之旅 机热泪盈眶|accessdate=2011 ]，2011 年3月1日|work= ， 共同网|date=2011年3月1日|language=zh-hans|archive-date=2011年3月5日|archive-url=https://web.archive.org/web/20110305033347/http://china.kyodonews.jp/news/2011/03/5199.html|dead-url=no}}</ref>。

在進行經營重組後，日航自2011年4月1日起重新啟用「紅鶴」標誌<ref>{{Cite web|url=[http://china.kyodonews.jp/jal_ch/2011/04/post_110427.html|title=新 生日航集团重新启用 "红鹤"标志|accessdate=2011]。2011-09-03|author= ， 日本航空|work=共同网|date=2011年4月27日|language=zh-hans}}</ref>。新標誌將舊標誌的「JAL」三個字母的字體進行改動，同時，機身側面亦以黑色粗體字寫上日航英文名。第一架使用新標誌的飛機被命名為「紅鶴1號」（{{lang-ja|鶴丸１号機}}），機型為[[波音767|波音767-300ER]]（編號JA654J），於2月28日下午首航執飛羽田—北海道釧路航線。日航旗下的飛機塗裝將逐步更換，全部更換估計將需要8年的時間<ref>[https://www.traveldaily.cn/article/48561 日航重新启用“红鹤”标志　期待公司获新生]，环球旅讯， 2011-03-01 </ref>。