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据不完全统计，袁了凡共计有著述22部，198卷，主要有《祈嗣真诠》、《皇都水利》、《评注八代文宗》、《宝坻政书》、《两行斋集》、《劝农书》、《史汉定本》、《群书备考》、《历法新书》等。袁了凡是中国历史上规模最大、价值最高的一部大藏经《嘉兴藏》的最早倡刻者。

不过，袁了凡当年普遍受到当朝的学风批评，王夫之批评其经义说：“经义之有茅鹿门、汤宾尹、袁了凡，皆画地成牢以陷人者”。《明史·陈幼学传》载袁黄“妄批削‘四书’、《书经集注》，名曰《删正》，刊行于时”，后经陈氏“驳正”，“镂板尽毁”[3]（卷281）。可知其人生前身后很招致了些争议，而其《功过格》，黄宗羲则说奉行《功过格》者“与鬼神交手为市”，张尔岐也说袁黄“与天地鬼神为市”，这是切中要害的批评。后明末大儒刘宗周撰《人谱》以明儒家之道德实践，对流行于其时的袁黄《功过格》进行反拨。

袁了凡提倡以记“功过格”的方法，“隐恶扬善”、“迁善改过”，进行道德自律，规范自己的行为，达到自我修养、完善人生的目的。袁了凡作为功过格的提倡者和身体力行者，强调个人改变命运的力量，用善书来鼓动社会流动和提升社会地位，为后来者树立了榜样，他的言行经历对后世道德伦理思想的变迁产生了广泛而深远的影响。

在宗教界，在日、韩、美、澳以及港澳台和东南亚等地，袁了凡享有极高的声誉，目前有几十个专门的研究机构。但是，国内对他的认识还很不够。对此，有研究者指出：“以前我们不注重到那些对社会对民间有影响的思想。袁了凡在当时社会裏巷皆知，在今天还在发扬光大，所以我们要转变模式，去研究那些真正影响老百姓的思想！袁了凡应当是浙江思想文化史上重要的一笔，用专门的著作来写！”