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除了這些生態景觀外，芝山岩也擁有豐富的歷史與人文景觀。例如西元前2000年存在的[[ 芝山岩遺址]] ，1752年建造的[[ 芝山巖惠濟宮]] ，1825年建造的[[ 芝山岩隘門]] ，2000年被學者發現的[[圓山文化]]骨骸都相當具有代表性。而這些遺址或人文古蹟，皆被列為中華民國國定古蹟。

除了國定古蹟，也有與[[六氏先生]]事件有關的，[[伊藤博文]]親題學務官遭難碑、六氏先生墓與[[ 國語傳習所]] 舊址(惠濟宮後殿)，以及在1930年所建的[[芝山巖社]]（或作「芝山巖神社」）。<ref>{{cite book|title=七星郡要覽　昭和十二年版|date=七星郡役所|publisher=七星郡役所}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.himoji.jp/himoji/database/db04/permalink.php?id=44|title=芝山岩神社|work=海外神社|publisher=神奈川大学|accessdate=2013-02-02}}</ref>其中芝山巖社後來被拆除改建為紀念[[戴笠]]（戴雨農）的雨農閱覽室。<ref>{{cite web|url=http://www.zcegarden.org.tw/z332.php|title=雨農閱覽室|work=芝山文化生態綠園|accessdate=2013-02-02}}</ref>另外在芝山入口不遠處，還有一間收容林爽文事變與漳泉分類械鬥罹難者屍體的[[同歸所]]。