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清[[顺治]]元年（1644年）经[[天津总督]][[骆养性]]举荐，授任原官，调[[刑部]]。上[[奏疏|疏]]说：「旧制，大逆大盗，决不待时，馀俱监候秋后处决，未尝一罹[[死刑]]，辄弃于市。请凡罪人照例区别，以昭钦卹。新制未定，并乞暂用[[大明律|明律]]。俟新例颁行，画一遵守。」[[顺治]]二年（1645年）又再次上疏说：「[[流寇]]暴虐，今剿灭殆尽。恐寇党株连，下民未获宁止。请速颁恩赦。[[总督|督]]、[[巡抚|抚]]、[[藩司|司]]、[[道 (行政区划)|道]]及[[府 (行政区划)|府]]、[[州]]、[[县]]各官，简用务在得人，庶可广皇仁，布实政。」并得到[[圣旨]]准予施行。骆养性被控贪婪通贼，党崇雅亦受到牵连，后判定为不实指控，免除其罪。[[给事中]]庄宪祖[[弹劾]]党崇雅庸弱无能，党崇雅遂上疏请求辞官回乡，[[清世祖]]将其慰留。[[顺治]]五年（1650年）擢[[刑部尚书]]。[[顺治]]六年（1651年）加[[太子太保]]。[[顺治]]八年（1653年）调[[户部]]，加[[少保]]。[[顺治]]十年（1655年）告归乡里，仍赐原俸。数月后复诏还朝。[[顺治]]十一年（1656年）授国史院[[大学士]]。[[顺治]]十二年（1657年）再次上疏告退，加封[[少傅]]兼[[太子太傅]]衔。入朝谢封，清世祖见其年迈，赐给党崇雅一件御服，还跟他说：「卿今还裡，服朕赐衣，如见朕也！」即将起程时，又将其召见过来，赐以茶水，以温和的话勉励他，之后便命令大学士[[车克]]送其归乡。[[顺治]]十三年（1658）下[[敕书]]表达慰问。[[ 康熙]] 五年（1666 ）党崇雅病逝，次年六月十八日，清康熙皇帝派遣[[赵进美]]捧谕致祭，康熙八 年 （1669 ） 卒十二月入土安葬，[[卫周祚]]撰墓志铭。<ref>[[民国]]·[[赵尔巽]]等，《[[清史稿]]》（卷238）：“顺治元年，以天津总督骆养性荐，授原官，调刑部。疏言：「旧制，大逆大盗，决不待时，馀俱监候秋后处决，未尝一罹死刑，辄弃于市。请凡罪人照例区别，以昭钦卹。新制未定，并乞暂用明律。俟新例颁行，画一遵守。」二年，复疏言：「流寇暴虐，今剿灭殆尽。恐寇党株连，下民未获宁止。请速颁恩赦。督、抚、司、道及府、州、县各官，简用务在得人，庶可广皇仁，布实政。」并得旨允行。骆养性被讦贪婪通贼，辞连崇雅，谳不实，免议。给事中庄宪祖劾崇雅衰庸，崇雅疏乞罢，留之。五年，擢尚书。六年，加太子太保。八年，调户部，加少保。十年，引疾告归，命仍支原俸。旋召还。十一年，授国史院大学士。十二年，复以老乞休，加少傅兼太子太傅。入谢，上见其老，赐御服，谕曰：「卿今还裡，服朕赐衣，如见朕也！」临行，复召见，赐茶，慰以温语，命大学士车克送之。十三年，敕存问。康熙五年，卒。”</ref>。