01. 内务部部长 钱瑛 → 曾山 02. 外交部部长 陈毅（兼） 03. 国防部部长 彭德怀（兼） → 林彪（兼） 04. 公安部部长 罗瑞卿（兼） → 谢富治 05. 国家基本建设委员会主任 陈云（兼） 06. 国家计划委员会主任 李富春（兼） 07. 国家经济委员会主任 薄一波（兼） 08. 国家科学技术委员会主任 聂荣臻（兼） 09. 财政部部长 李先念 10. 粮食部部长 沙千里 11. 商业部部长 程子华 → 姚依林 12. 对外贸易部部长 叶季壮 13. 水产部部长 许德珩 14. 冶金工业部部长 王鹤寿 15. 化学工业部部长 彭涛 16. 第一机械工业部部长 赵尔陆 → 段君毅 17. 第二机械工业部部长 宋任穷 → 刘杰 18. 煤炭工业部部长 张霖之 19. 石油工业部部长 余秋里 20. 地质部部长 李四光
21. 建筑工程部部长 刘秀峰 22. 纺织工业部部长 蒋光鼐 23. 轻工业部部长 李烛尘 24. 铁道部部长 滕代远 25. 交通部部长 王首道 26. 邮电部部长 朱学范 27. 农业部部长 廖鲁言（1964年9月起江一真代理） 28. 农垦部部长 王震 29. 林业部部长 刘文辉 30. 水利电力部部长 傅作义 31. 劳动部部长 马文瑞 32. 文化部部长 沈雁冰 33. 教育部部长 杨秀峰 34. 卫生部部长 李德全 35. 体育运动委员会主任 贺龙（兼） 36. 民族事务委员会主任 乌兰夫（兼） 37. 对外文化联络委员会主任 张奚若 38. 华侨事务委员会主任 廖承志 39. 农业机械部部长 陈正人 40. 第三机械工业部部长 张连奎 → 孙志远