生物分类学（biotaxonomy）通常直接称分类学（taxonomy；taxonomie；taxonomía），是一门研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律的科学。要将生物分类，首先要知道生物与非生物的定义，但是我们似乎没有办法准确定义，以病毒来说，虽然可在其他生物体内寄生并复制，但在生物体外却没有一般生物的特征如制造或摄取营养，生殖等现象。又如引起疯牛病的阮粒（prion）可以造成感染却无DNA成分，一直以来，DNA被视为生命遗传物质，经由与RNA的转录转译过程，形成蛋白质，再进一步形成组成细胞的各个部分，如细胞膜、胞器等，而细胞则是我们长久以来所认为组成生命体的最小单位。
这种分类应该反映不同生物体间的进化树关系。分类学把生物划分为不同的群，而系统学试图寻找生物之间的关系。占主导地位的分类法是林奈氏分类系统（Linnaean），它包括一个属名和种加词。
目录
生物命名规范
关于如何为生物命名的原则有很多国际协议，例如《国际植物命名法规》（International Code of Botanical Nomenclature，简称ICBN）、《国际动物命名法规》（International Code of Zoological Nomenclature，简称ICZN）以及《国际细菌命名法规》（International Code of Nomenclature of Bacteria，简称ICNB）。第四版的生物命名法规（BioCode）草案在1997年出版，它试图在三个领域标淮化命名，但现在还没有被正式采纳。《国际病毒命名和分类法规》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，简称ICVCN）是不属于生物命名法规的。
生物分界
传统上，生物分为五界，由Sahn等于1949年提出：
Copeland提出过四界说：
也有人使用三域说。这种分类方法反映了细胞是否有核以及细胞膜和细胞壁的差异。
另有一些不属于上述所有分类的介于生物和非生物之间的生命形式，即只能寄生于细胞内的病毒，而它们在细胞外并不表现出活跃的生命形式。
分类表
古菌域
细菌域
真核生物域
植物界
真菌/后生动物组
真菌/后生动物组除动物界和真菌外，还包含领鞭毛虫、鱼醉菌等。
动物界
即“后生动物”组。
真菌界
其馀真核生物（原生生物和真核藻类）
- 等辐骨虫纲（Acantharea），如等棘虫。
- 放射虫纲
- 双滴虫类（Diplomonadida），如曲滴虫、贾第虫。
- Parabasalidea
- 异叶足纲（Heterolobosea），如集胞菌。
- 眼虫门
- 隐藻纲（Cryptophyta）
- 定鞭藻纲（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
- 不等鞭毛类，除下列分类还包括辐球虫、蛙片虫等。
- 囊泡虫类
- 单孢子虫门（Haplosporidia）
- 丝足虫类
- 根肿菌类（Plasmodiophorida）
- 粒网足虫类（Granuloreticulosea），如有孔虫。
- 叶足纲（Lobosea），如变形虫（阿米巴）。
- 黏菌门
- 灰胞藻纲（Glaucocystophyceae）
- 红藻门，如石花菜、紫菜。