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种子是种子植物的胚珠经受精后长成的结构，一般有种皮、胚和胚乳等组成。胚是种子中最主要的部分，萌发后长成新的个体。胚乳含有营养物质。
种子是裸子植物、被子植物特有的繁殖体，由胚珠经过传粉受精形成[1]。
种皮
由珠被发育而来，有保护胚与胚乳的功能。裸子植物的种皮由外层、内层（肉质层）、中层（石质层）组成。苏铁和银杏，外层的肉质层肥厚，成熟时具色素；许多松柏类植物的外层不发达。内层一般趋向皱缩，在成熟的种子中呈纸状薄层，衬贴在中层里面。
红豆衫、罗汉松的种子具假种皮，成熟后呈红色。红豆衫的假种皮呈杯状，内含种子。罗汉松的假种皮包围于种子上象罗汉的袈裟。银杏的外种皮肉质化，具绿色的肉质外种皮，人们常把种子误认为果实。
被子植物的种皮多样，花生、桃、杏等种子外有坚硬的果皮，种皮结构简单，薄如纸状；小麦、玉米、水稻、莴苣的种子，果皮与种皮愈合，种子成熟时种皮被挤压，紧贴于果皮的内层；有些豆科植物和棉花的种子有坚硬的种皮，种皮表皮下有栅栏状的厚壁组织细胞层，表皮上有厚的角质膜。有些豆类种子由于角质膜过厚形成“硬实”，不易萌发。棉籽的表皮上有大量的表皮毛（棉纤维）。蕃茄种皮的表皮细胞柔软透明呈胶质状，并有刺突起。石榴种皮的表皮细胞伸长为细线状，细胞液中含糖可食用；荔枝、龙眼的种子可食部分，由假种皮肉质化，假种皮由珠柄组织凸起包围种子形成。
种皮的结构[2]与种子休眠相关。有的植物种皮中含有萌发抑制剂，除掉这类植物种皮，对种子萌发有刺激效应。
胚
由受精卵发育成。由胚芽、胚轴、子叶、胚根组成。裸子植物的胚沿种子的中央纵轴排列，不同种类种子[3]，子叶数不同，为1～18个。常见为两个，如苏铁、银杏、红豆杉、香榧、红杉、买麻藤、麻黄等。
被子植物胚的形状多样，但在种子中的位置固定，一般胚根朝向珠孔。胚的子叶也多样，有细长的、扁平的，有的含大量储藏物质而肥厚呈肉质，如花生、菜豆，也有的成薄薄的片状如蓖麻。有的子叶与真叶相似，有锯齿状的边缘，有的在种子内部呈多次折叠如棉花。
禾本科的胚，只有一个子叶。胚由胚芽、胚芽鞘、胚根、胚根鞘、胚轴组成。在胚轴的一侧生有一片盾形子叶（盾片）。
胚乳
裸子植物胚乳是单倍体的雌配子体，一般比较发达，多储藏淀粉或脂肪，也有的含糊粉粒。胚乳一般为黄色，少数为白色，银杏成熟的种子中胚乳呈绿色。
被子植物的胚乳在双受精过程中，一个精子与胚囊中的极核聚变发育成多倍体。多数被子植物在种子发育中有胚乳形成，但有的成熟种子中不具、具很少的胚乳，由于它们的胚乳在发育中被胚分解吸收了。一般把成熟的种子分有胚乳种子、无胚乳种子。无胚乳种子中胚很大，胚体各部分，特别在子叶中储有大量营养物质。
不同种子的胚乳寿命[4]、数量、储藏物质不同。胚乳中一般储藏物质是淀粉、蛋白质、脂肪。还有些碳水化合物，如甘露糖、半纤维素可沉积在细胞壁上，如咖啡、柿子、海枣等。含淀粉的胚乳常是没有生命的，如灯心草科、莎草科、禾本科、蓼科、石竹科中含淀粉的胚乳细胞，成熟后细胞核退化；在百合科、石蒜科、萱草属、蓖麻属、胡萝卜属中含淀粉的胚乳细胞是有生命的。
一般在胚、胚乳发育的过程中，体积不断地扩大，胚囊外的珠心组织受到破坏，最后为胚、胚乳吸收。所以在成熟的种子中没有珠心组织。但有些植物在种子发育过程中珠心组织保留下来，并储藏养料形成外胚乳（把受精后形成的胚乳称为内胚乳）。菠菜、甜菜、咖啡的成熟种子具有外胚乳。胡椒、姜的成熟种子兼有胚乳、外胚乳。
传播
风力传播是指较轻或有辅助的翅的种子，借由风力将种子传播至较远的地区。例如：木棉、蒲公英等植物。
自力传播是果实成熟时，会将种子弹开，使种子可以进行传播。例如：酢浆草等。
水力传播是生长在海边或河水边的植物，在果实成熟时掉入水中，借由水力将果实传播至远处；由于水可促使种子发芽，因此这种植物大多由完整的果实保护。例如: 椰子等。
动物传播又可分两种，一种是动物咬食，另一则是附在动物的身体上。动物咬食的果实大多比较重，而且可以食用，无法消化的种子经由排泄传播。例如：百香果、番石榴。附在动物身上的果实大多有逆刺，可以勾在动物身上。例如：黐头芒。