01. 內務部部長 錢瑛 → 曾山 02. 外交部部長 陳毅（兼） 03. 國防部部長 彭德懷（兼） → 林彪（兼） 04. 公安部部長 羅瑞卿（兼） → 謝富治 05. 國家基本建設委員會主任 陳雲（兼） 06. 國家計劃委員會主任 李富春（兼） 07. 國家經濟委員會主任 薄一波（兼） 08. 國家科學技術委員會主任 聶榮臻（兼） 09. 財政部部長 李先念 10. 糧食部部長 沙千里 11. 商業部部長 程子華 → 姚依林 12. 對外貿易部部長 葉季壯 13. 水產部部長 許德珩 14. 冶金工業部部長 王鶴壽 15. 化學工業部部長 彭濤 16. 第一機械工業部部長 趙爾陸 → 段君毅 17. 第二機械工業部部長 宋任窮 → 劉傑 18. 煤炭工業部部長 張霖之 19. 石油工業部部長 余秋里 20. 地質部部長 李四光
21. 建築工程部部長 劉秀峰 22. 紡織工業部部長 蔣光鼐 23. 輕工業部部長 李燭塵 24. 鐵道部部長 滕代遠 25. 交通部部長 王首道 26. 郵電部部長 朱學范 27. 農業部部長 廖魯言（1964年9月起江一真代理） 28. 農墾部部長 王震 29. 林業部部長 劉文輝 30. 水利電力部部長 傅作義 31. 勞動部部長 馬文瑞 32. 文化部部長 沈雁冰 33. 教育部部長 楊秀峰 34. 衛生部部長 李德全 35. 體育運動委員會主任 賀龍（兼） 36. 民族事務委員會主任 烏蘭夫（兼） 37. 對外文化聯絡委員會主任 張奚若 38. 華僑事務委員會主任 廖承志 39. 農業機械部部長 陳正人 40. 第三機械工業部部長 張連奎 → 孫志遠